Nouvelle méthode d'identification des cultivars d'olives

L’identification des cultivars d’oliviers en fonction de l’apparence des feuilles et des fruits devrait servir de base à une application téléphonique et à des contributions à une nouvelle base de données internationale sur les oliviers.

4 novembre 2016
Par Lisa Radinovsky

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Une nouvelle méthodologie semi-automatique pour identifier les cultivars d'oliviers en fonction de l'apparence des feuilles et des fruits est destinée à servir de base à une application téléphonique pour les producteurs et à contribuer à une nouvelle base de données internationale d'oliviers, selon Konstantinos Blazakis, un chercheur travaillant avec Panagiotis Kalaitzis au Département de Génétique Horticole et Biotechnologie de l'Institut Agronomique Méditerranéen de La Canée (MAICh) en Crète, Grèce.

Blazakis espère qu'une application de cette nouvelle méthode sera une application pour téléphone portable qui sera capable d'identifier le cultivar sur la base d'une photo d'un olivier, d'une feuille ou d'un endocarpe. Il espère commencer avec des cultivars grecs d'ici un an ou deux et espère obtenir un soutien pour ajouter des cultivars internationaux à cette application en tant que projet supplémentaire plus tard. Il admet que l'application pour téléphone portable sera probablement plus utile dans les pays où il existe de nombreuses variétés d'olives différentes, car les agriculteurs veulent être sûrs de savoir quel cultivar ils ont.

Un autre des objectifs de Blazakis est de contribuer à une nouvelle base de données internationale en ligne qui cataloguera des informations sur l'apparence et l'analyse chimique, entre autres, des variétés d'olives dans le monde entier. Il a déclaré que quinze partenaires d'un certain nombre de pays travaillaient ensemble pour préparer cette base de données conviviale pour le grand public, qui sera "basé sur l'étude génétique, physiologique, moléculaire et morphologique de chaque cultivar. Les chercheurs ont l'intention d'incorporer des données antérieures, de vérifier leur exactitude deux fois, ainsi que d'ajouter de nouvelles informations.

Cela fait partie du vaste et ambitieux projet Bioresources For Oliviculture, ou BeFOre, qui a reçu un financement de l'Union européenne. 2020 Horizon programme de recherche et d'innovation dans le cadre de la convention de subvention Marie Skłodowska-Curie et est également soutenu par le Conseil oléicole international.

BeFOre est "concentré sur l’établissement de protocoles communs intégrés pour phénotyper et caractériser les plantes au niveau moléculaire, morphologique et physiologique, et évaluer la qualité de l’huile d’olive liée aux variétés », site Internet, "espérant améliorer le potentiel des collections, des dépôts et des banques de germoplasme oléicole en tant que principales sources de variabilité et des outils d'évaluation à utiliser pour accroître la durabilité de l'oliviculture et faire face aux problèmes existants et émergents. »

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Konstantinos Blazakis (Lisa Radinovsky)

Soulignant l'importance d'évaluer et de caractériser la diversité des espèces d'oliviers afin de préserver la riche variété de ressources génétiques avec tous leurs différents avantages pour la santé, Blazakis se concentre sur la forme et la structure, ou la morphologie, des olives, des oliviers et de leurs feuilles.

Au 3rd Symposium international sur l'horticulture en Europe à La Canée, en Crète à la mi-octobre, Blazakis a présenté le travail qu'il fait en collaboration avec Luciana Baldoni et Marina Bufacchi du Conseil national italien de la recherche, Abdelmajid Moukhli de l'INRA Marrakech au Maroc, et Panagiotis Kalaitzis du MAICh (qui fait partie du Centre international des hautes études agronomiques méditerranéennes).

Dans une présentation intitulée "Algorithmes mathématiques avancés pour caractériser les variétés d'olive à travers des paramètres morphologiques », a expliqué Blazakis. "L'étude vise à présenter une toute nouvelle méthodologie semi-automatique pour la détection de divers paramètres morphologiques »de différents cultivars d'olive. Sa méthode comporte 5 étapes:

  • prélever des échantillons de feuilles et de fruits: 25 ou 30 au milieu d'un arbre dont la variété a été déterminée en pépinière
  • créer des données d'imagerie: prendre des photos d'eux
  • segmentation: séparez l'image des feuilles, des olives ou des graines de l'arrière-plan à l'aide d'un logiciel scientifique
  • appliquer des algorithmes mathématiques: utiliser le logiciel MATLAB pour créer un ensemble d'instructions liées à divers aspects de la forme et de la structure de l'olivier ou de la feuille, par exemple (pour le fruit) surface, périmètre, hauteur, largeur maximale, position de largeur maximale, symétrie ou manque de symétrie, forme d'ellipse, courbure, mamelon
  • traduire les résultats: obtenez des nombres qui décrivent chaque aspect de la forme et de la structure de chaque cultivar d'olive

Blazakis a mentionné qu'il est nécessaire d'effectuer plus de tests pour être sûr que les paramètres morphologiques avec lesquels son équipe travaille peuvent distinguer les différents cultivars, mais il pense qu'ils réussiront. Il a ajouté que l'outil automatisé qu'il développe fournira une méthode plus rapide et moins coûteuse pour déterminer un cultivar d'olive que l'analyse ADN et fournira une option utile pour de nombreux agriculteurs qui recherchent des informations sur leurs arbres.



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