Une nouvelle méthode d'identification des variétés d'olivier

Une nouvelle méthode semi-automatique d'identification des variétés d'olivier en fonction de l'aspect des feuilles et des fruits est destinée à servir de base à une application mobile destinée aux producteurs et à alimenter une nouvelle base de données internationale sur l'olivier, selon Konstantinos Blazakis, chercheur travaillant aux côtés de Panagiotis Kalaitzis au sein du département de génétique horticole et de biotechnologie de l'Institut agronomique méditerranéen de La Canée (MAICh), en Crète (Grèce).

Blazakis espère qu'une des applications de cette nouvelle méthode sera une application mobile capable d'identifier le cultivar à partir d'une photo d'un fruit, d'une feuille ou d'un endocarpe d'olivier. Il prévoit de commencer par les cultivars grecs d'ici un an ou deux et espère obtenir un soutien pour ajouter des cultivars internationaux à cette application dans le cadre d'un projet complémentaire ultérieur. Il admet que l'application mobile sera probablement très utile dans les pays où il existe de nombreuses variétés d'olives, car les agriculteurs veulent être sûrs de connaître le cultivar qu'ils possèdent.

Un autre des objectifs de Blazakis est de contribuer à une nouvelle base de données internationale en ligne qui répertoriera, entre autres, des informations sur l'apparence et l'analyse chimique des variétés d'olives du monde entier. Il a déclaré que quinze partenaires issus de plusieurs pays travaillent ensemble à la mise au point de cette base de données conviviale destinée au grand public, qui sera « fondée sur l'étude génétique, physiologique, moléculaire et morphologique de chaque cultivar ». Les chercheurs ont l’intention d’intégrer des données précédemment collectées et vérifiées à deux reprises, ainsi que d’ajouter de nouvelles informations.

Cela s’inscrit dans le cadre du projet ambitieux et de grande envergure « Bioresources For Oliviculture » (BeFOre), qui a reçu un financement du programme de recherche et d’innovation Horizon 2020 de l’Union européenne au titre de la convention de subvention Marie Skłodowska-Curie et bénéficie également du soutien du Conseil oléicole international.

BeFOre « vise à établir des protocoles communs intégrés pour phénotyper et caractériser les plantes aux niveaux moléculaire, morphologique et physiologique, et à évaluer la qualité de l’huile d’olive en fonction des variétés », selon son site web, « dans le but d’améliorer le potentiel des collections, des dépôts et des banques de matériel génétique oléicole en tant que principales sources de variabilité et d’outils d’évaluation destinés à accroître la durabilité de l’oléiculture et à faire face aux problèmes existants et émergents ».

Soulignant l’importance d’évaluer et de caractériser la diversité des espèces d’oliviers afin de préserver la riche variété des ressources génétiques et leurs bienfaits distincts pour la santé, M. Blazakis s’intéresse particulièrement à la forme et à la structure, ou morphologie, des olives, des oliviers et de leurs feuilles.

Lors du 3e Symposium international sur l’horticulture en Europe, qui s’est tenu à La Canée, en Crète, à la mi-octobre, M. Blazakis a présenté les travaux qu’il mène en collaboration avec Luciana Baldoni et Marina Bufacchi du Conseil national de la recherche italien, Abdelmajid Moukhli de l’INRA Marrakech au Maroc, et Panagiotis Kalaitzis du MAICh (qui fait partie du Centre international d’études agronomiques méditerranéennes avancées).

Dans une présentation intitulée « Algorithmes mathématiques avancés pour caractériser les variétés d’olivier à l’aide de paramètres morphologiques », Blazakis a expliqué que son « étude vise à présenter une méthodologie semi-automatique entièrement nouvelle pour détecter divers paramètres morphologiques » de différentes variétés d’olivier. Sa méthode comporte 5 étapes :

• prélever des échantillons de feuilles et de fruits : 25 ou 30 provenant du milieu d’un arbre dont la variété a été déterminée en pépinière
• créer des données d'imagerie : prendre des photos de ces échantillons
• segmentation : séparer l’image des feuilles, des olives ou des graines de l’arrière-plan à l’aide d’un logiciel scientifique
• appliquer des algorithmes mathématiques : utiliser le logiciel MATLAB pour créer un ensemble d’instructions liées à divers aspects de la forme et de la structure de l’olive ou de la feuille, par exemple (pour le fruit) la surface, le périmètre, la hauteur, la largeur maximale, la position de la largeur maximale, la symétrie ou l’asymétrie, la forme elliptique, la courbure, le mamelon
• traduire les résultats : obtenir des chiffres qui décrivent chaque aspect de la forme et de la structure de chaque cultivar d'olive

Blazakis a mentionné qu'il est nécessaire de mener des tests supplémentaires pour s'assurer que les paramètres morphologiques sur lesquels travaille son équipe permettent de distinguer les différents cultivars, mais il estime qu'ils y parviendront. Il a ajouté que l'outil automatisé qu'il développe offrira une méthode plus rapide et moins coûteuse pour déterminer un cultivar d'olive que l'analyse ADN et constituera une option précieuse pour de nombreux agriculteurs à la recherche d'informations sur leurs arbres.

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• Bioressources pour l'oléiculture, ou projet BeFOre


• IIIe Symposium international sur l'horticulture en Europe – SHE2016