L'UE s'apprête à approuver les cultures génétiquement modifiées alors que le secteur de l'olive envisage de futures applications

L'Union européenne est sur le point d'autoriser l'utilisation de techniques avancées d'édition génétique sur une grande variété de cultures. Le règlement présenté par la Commission européenne, et déjà approuvé tant par le Conseil que par une commission importante du Parlement européen, devrait entrer en vigueur dans l'ensemble des 27 États membres au cours des prochaines semaines.

Tout ce qui nous entoure évolue sans cesse. Les agents pathogènes évoluent, les insectes évoluent, les climats évoluent. Les plantes doivent elles aussi s’adapter. – Luigi Cattivelli, Centre de recherche en génomique et bio-informatique

Le dernier obstacle à la nouvelle réglementation est une série d'amendements déposés par le groupe socialiste de centre-gauche. Compte tenu de l'importance de la question et de la nécessité politique d'obtenir une large majorité, le vote final en plénière semble avoir été officieusement reporté, le temps que les législateurs s'efforcent de résoudre les préoccupations en suspens.

L'objectif de la nouvelle réglementation est d'améliorer la résilience des cultures face aux impacts liés au climat en créant une voie plus rapide pour le développement de plantes résilientes grâce à l'édition génétique.

Si les nouvelles règles entrent en vigueur comme prévu, une période de grâce de 24 mois a été prévue pour permettre à la Commission européenne d’affiner les aspects opérationnels. Mai 2028 est envisagé comme date possible de mise en œuvre complète, les sélectionneurs pouvant alors soumettre officiellement leurs variétés. Les produits pourraient commencer à apparaître dans la chaîne d’approvisionnement peu après.

Les nouvelles techniques génomiques relevant de la première catégorie (NGT-1) font l'objet d'une déréglementation. Celles-ci comprennent plus de 20 modifications génétiques qui pourraient se produire naturellement dans les variétés de cultures ou être obtenues par croisement traditionnel.

Alors que la sélection conventionnelle repose sur le « hasard » de la reproduction naturelle, les NGT-1 permettent des modifications directes et ciblées. Une telle approche pourrait réduire le nombre d'années nécessaires pour développer une nouvelle variété résiliente.

En sélection conventionnelle, lorsqu’une culture importante, telle qu’une tomate à haut rendement, est croisée avec une variété sauvage résistante à la sécheresse, la descendance hérite du gène de résistance à la sécheresse, mais aussi de milliers de gènes indésirables provenant du parent sauvage, tels qu’une petite taille des fruits ou un goût amer. Il peut falloir plus d’une décennie de rétrocroisements pour rétablir les caractéristiques souhaitées.

La NGT-1 peut réduire considérablement le nombre de rétrocroisements nécessaires en introduisant des mutations ciblées spécifiques directement dans des variétés d'élite, tout en s'appuyant sur des étapes de sélection et de sélection ultérieures pour stabiliser les traits souhaités.

Le développement de la NGT-1 vise notamment à obtenir des cultures tolérantes au stress hydrique, y compris la capacité à résister à la salinité croissante des zones côtières. En activant des gènes qui rendent les plantes plus résistantes aux principales maladies ou moins attrayantes pour les ravageurs, la NGT-1 pourrait réduire considérablement l’utilisation de pesticides et d’autres produits chimiques.

De plus, les cultures modifiées par la NGT-1 peuvent contenir des graisses plus saines, permettant de développer des graines oléagineuses telles que le tournesol ou l'olive avec une teneur plus élevée en acide oléique ou une teneur réduite en graisses saturées. Les teneurs en vitamine D et en antioxydants des fruits et légumes pourraient également être améliorées, tout comme leur résistance à la pourriture, ce qui prolongerait considérablement leur durée de conservation. Toutes les variétés NGT-1 seront répertoriées dans une base de données publique de l'UE.

Ces approches s'appuient sur des décennies de recherche génétique antérieure. Bien avant l'arrivée des techniques modernes d'édition génétique, les sélectionneurs de plantes induisaient déjà des mutations aléatoires à l'aide d'agents chimiques ou de rayonnements.

« Des mutations sont induites depuis les années 1950 », a déclaré à Olive Oil Times Luigi Cattivelli, directeur du Centre de recherche en génomique et bio-informatique du CREA, le Conseil italien pour la recherche et l’économie agricoles. « Ce que l’édition génétique change, c’est la précision. »

Selon M. Cattivelli, la différence réside dans le fait que la mutagenèse traditionnelle crée des milliers de modifications génétiques aléatoires, dont beaucoup sont inutiles ou nuisibles, tandis que la NGT-1 cible un seul gène connu.

« Une mutation reste une mutation », a-t-il déclaré, ajoutant que certaines mutations éditées ne font que reproduire des changements qui existent déjà dans la nature.

La réglementation maintient un contrôle strict sur la NGT-2 car la deuxième catégorie inclut des modifications génétiques complexes qui ne sont pas réalisables par des processus naturels. Ces techniques relèvent des dispositions existantes sur les OGM, qui comprennent des procédures d’évaluation complète des risques, un étiquetage obligatoire et des autorisations réglementaires coûteuses.

Alors que l’autorisation des OGM traditionnels peut allonger la phase de développement de dix ans, les demandes concernant la NGT-1 peuvent être traitées en 90 à 120 jours, car ces plantes sont considérées comme équivalentes à celles produites par des moyens conventionnels.

En conséquence, les coûts sont considérablement réduits, rendant le développement de la NGT-1 abordable pour les petites et moyennes entreprises plutôt que pour les seules multinationales. La Commission européenne a qualifié à plusieurs reprises ce processus de « démocratisation de l’innovation ».

« Tout ce qui nous entoure évolue sans cesse. Les agents pathogènes évoluent, les insectes évoluent, les climats évoluent. Les plantes doivent elles aussi s’adapter », a déclaré M. Cattivelli.

« Il existe des visions miraculeuses et des positions idéologiques selon lesquelles rien ne devrait jamais être changé », a-t-il ajouté. « Mais il y a un point qui ne peut être ignoré : nous ne pouvons pas éviter l’adaptation. »

« Une plante obtenue par édition du génome porte une mutation introduite dans l’un de ses propres gènes », a expliqué M. Cattivelli. « Les mutations induites par l’édition sont fondamentalement équivalentes aux mutations naturelles qui constituent déjà la base biologique de la biodiversité. »

Alors que les OGM peuvent contenir du matériel génétique provenant de l’extérieur de l’organisme modifié, ce n’est pas le cas des NGT-1.

« C’est pourquoi il n’est pas possible par la suite de distinguer si une mutation est survenue naturellement ou par édition », a déclaré Cattivelli.

M. Cattivelli a également fait valoir qu’une grande partie du débat public autour des technologies génétiques repose encore sur une incompréhension de l’agriculture moderne elle-même.

« Les gens ne se rendent pas compte que tout ce qui les entoure a déjà été sélectionné génétiquement par les humains », a-t-il déclaré. « L’idée que la nourriture existe exactement telle que la nature l’a créée n’existe tout simplement pas. Un champ cultivé n’est pas la nature. Une forêt, c’est la nature. L’agriculture a toujours modifié les plantes. »

Le scientifique a pris l’olivier comme exemple. « Pensez à ceux de votre oliveraie. Ils ont de nombreux problèmes, à commencer par les maladies », a-t-il déclaré, citant comme exemples la propagation de Xylella fastidiosa, la pression exercée par la mouche de l’olivier et l’évolution rapide des conditions environnementales.

« Tous les agents pathogènes et les ravageurs évoluent en permanence. Pendant ce temps, l’olivier, qui est une plante millénaire, est resté pratiquement inchangé », a-t-il ajouté.

« Nous vivons dans un système biologique. Chaque organisme vivant évolue en essayant de gagner plus d’espace évolutif », a déclaré Cattivelli.

À titre d’exemple, il a décrit l’émergence de la pyriculariose du blé au Brésil après qu’un agent pathogène du riz eut développé la capacité d’infecter le blé. « C’est exactement ce que fait l’évolution », a-t-il déclaré. « Et l’agriculture doit s’y adapter. »

Selon lui, l’une des contradictions au cœur du débat actuel est l’hypothèse largement répandue selon laquelle les cultivars historiques resteront automatiquement adaptés dans des conditions climatiques radicalement différentes.

« Quand quelqu’un me dit que le climat change et que les températures augmentent, je demande quelle justification scientifique étaye l’idée que des variétés sélectionnées il y a 100 ans dans des conditions plus froides resteront automatiquement parfaites dans un avenir plus chaud », a-t-il déclaré.

« Rendre l’agriculture plus durable sans perdre en productivité face au changement climatique est l’un des principaux défis des années à venir », a ajouté M. Cattivelli.

Ce défi s’avère particulièrement difficile dans la culture de l’olivier. Contrairement aux pommes ou à de nombreuses cultures annuelles, les oliviers ont fait l’objet de relativement peu de renouvellement génétique au cours du siècle dernier. De nombreux cultivars traditionnels restent génétiquement proches de ceux cultivés il y a plusieurs générations.

« Dans le domaine de l’olivier, le système variétal reste largement traditionnel », a déclaré M. Cattivelli. « Le renouvellement génétique a été très limité. »

Parallèlement, l’olivier reste l’une des espèces les plus difficiles à traiter avec les technologies génomiques.

« L’olivier présente une biologie complexe, des cycles très longs et des connaissances génétiques encore limitées », a-t-il déclaré. « Mais le principal problème réside dans la régénération in vitro. »

La plupart des techniques NGT exigent que les scientifiques cultivent temporairement des cellules végétales en laboratoire avant de les régénérer en plantes entières. Alors que ce processus est courant pour de nombreuses cultures, l’olivier reste très résistant à une régénération fiable.

« Pour les espèces où la régénération n’est pas possible, les NGT ne constituent pas vraiment une option aujourd’hui », a déclaré M. Cattivelli. « L’olivier et le pêcher font partie des cas difficiles. »

Il a toutefois insisté sur le fait que le problème était soluble. « Le premier défi consiste à développer des systèmes de régénération fiables et reproductibles », a-t-il déclaré. « Une fois cet obstacle surmonté, l’édition en soi ne sera plus un problème. »

M. Cattivelli a comparé la recherche scientifique à une longue enquête criminelle.

« Un chercheur recherche une solution exactement comme des enquêteurs recherchent un fugitif », a-t-il déclaré. « On sait que la solution existe quelque part, mais on ne sait pas si on la trouvera demain ou dans 20 ans. »

Le chercheur a également cité des exemples où l’édition moderne s’appuie sur des connaissances acquises grâce à des méthodes de sélection plus anciennes. Il a décrit comment des scientifiques ont découvert une mutation naturelle dans l’orge qui rendait la plante résistante à l’oïdium en désactivant un gène appelé MLO.

Plus tard, les scientifiques ont trouvé le même gène chez d’autres espèces, notamment la vigne.

« Si l’on modifie le gène MLO de la vigne de la même manière qu’il a été modifié chez l’orge, la vigne devient elle aussi résistante », a déclaré M. Cattivelli. « C’est ce que fait l’édition génétique. Elle transfère des connaissances. »

Il a ajouté que le même principe s’applique à de nombreux autres caractères, de la résistance aux maladies à la composition en huile et à la qualité nutritionnelle.

M. Cattivelli a cité l’huile de tournesol à haute teneur en acide oléique comme exemple de la façon dont les techniques de modification génétique sont déjà présentes dans la production alimentaire quotidienne. Développée par mutagenèse traditionnelle, l’huile de tournesol à haute teneur en acide oléique contient un taux plus élevé d’acide oléique, ce qui la rend plus stable lors de la friture industrielle.

« Il ne s’agit pas de modifier la nature de manière abstraite », a-t-il déclaré. « Si l’on peut améliorer la qualité d’une huile ou réduire le recours aux produits chimiques, c’est aussi une forme de santé et de durabilité. »

Roberto Velasco, expert en génomique végétale qui prendra les fonctions de directeur général de la Fondation Edmund Mach dans le nord de l’Italie, a convenu que le goulot d’étranglement scientifique est avant tout technique et financier plutôt que théorique.

« L’olivier est encore très en retard par rapport à des cultures comme le maïs ou le soja », a déclaré M. Velasco à Olive Oil Times. « Le premier obstacle est la culture tissulaire. Si l’on ne parvient pas à franchir cette étape, on ne peut pas réaliser de mutations ciblées. »

M. Velasco a expliqué que de nombreuses cultures ligneuses rencontrent des difficultés dans les systèmes de régénération en laboratoire en raison des concentrations élevées de tanins et de polyphénols, qui endommagent les cellules au cours des premiers stades de développement.

« Ces espèces ont tendance à brunir et à mourir très rapidement in vitro », a-t-il déclaré.

Les mêmes composés qui rendent l’huile d’olive extra vierge précieuse pour la santé humaine compliquent également la tâche des chercheurs pour trouver la bonne approche.

Pourtant, M. Velasco a déclaré que les progrès étaient inévitables. « Au final, une fois que l’on comprend la biologie d’une espèce, on trouve l’équilibre », a-t-il déclaré. « Plus les investissements sont importants, plus les résultats arrivent rapidement. »

Sans connaissances génomiques détaillées, les chercheurs ne savent peut-être pas encore quels gènes contrôlent la résistance à Xylella, la pression exercée par la mouche de l’olivier, la composition de l’huile ou d’autres caractéristiques importantes sur le plan agronomique.

« Si l’on ne sait pas quels gènes sont impliqués, on ne peut pas les cibler », a expliqué M. Velasco.

Ce retard reflète la structure économique du secteur oléicole lui-même.

« Le monde de l’huile d’olive reste, en fin de compte, un marché de niche méditerranéen », a déclaré M. Velasco. « Les investissements y sont tout simplement moins importants que pour le maïs, le soja ou d’autres produits de base mondiaux. »

Il est intéressant de noter que la nouvelle réglementation empêche les agriculteurs biologiques d’adopter des variétés NGT-1. Cela signifie qu’un agriculteur biologique ne peut pas utiliser sciemment des semences NGT-1, et qu’un produit biologique ne peut pas contenir d’ingrédients NGT-1.

« Certains producteurs biologiques se demandent pourquoi ils devraient automatiquement renoncer à ces outils », a déclaré M. Velasco. « Ces technologies ont été conçues précisément pour réduire les intrants et accroître la durabilité. »

La réglementation prévoit que cette exclusion soit réexaminée à l’avenir, une fois que les premières données sur les impacts environnementaux du NGT-1 auront été évaluées.

M. Velasco a souligné que les biotechnologies NGT-1 pourraient avoir des effets allant au-delà de la simple réduction de l’utilisation de pesticides et de la facilitation de l’adaptation au changement climatique.

« Elles peuvent accroître la biodiversité. Lorsque l’on crée de nouveaux clones et de nouvelles variétés, la biodiversité augmente, elle ne diminue pas », a-t-il déclaré.

Il a fait valoir que la sélection génomique pourrait en réalité élargir la diversité des cultivars à la disposition des agriculteurs. « Il n’y aura pas un seul clone amélioré qui remplacera tout », a-t-il déclaré. « Il y aura des centaines, voire des milliers de nouveaux clones. »

Le cadre européen pourrait bientôt ouvrir la voie réglementaire, mais des obstacles scientifiques et financiers empêchent encore la recherche sur l’olivier de progresser vers des applications pratiques des NGT.

« Plus nous investissons », a déclaré M. Velasco, « plus vite nous y arriverons. »