Selon des chercheurs, la bactérie Xylella serait arrivée en Italie via un caféier originaire du Costa Rica
Une étude a conclu que les génomes de Xylella fastidiosa présents dans les oliviers des Pouilles provenaient directement de caféiers du Costa Rica.
Une équipe internationale de scientifiques s'est penchée sur la question récurrente de savoir comment Xylella fastidiosa est arrivée en Europe et s'est adaptée à son nouvel environnement.
Publiée dans Microbial Genomics, cette étude apporte un éclairage nouveau sur l’origine de la bactérie Xylella fastidiosa et sur la façon dont cet agent pathogène a évolué, causant la mort de millions d’oliviers dans les Pouilles.
Notre analyse suggère que l'agent pathogène est arrivé en Italie à la suite d'une seule introduction en provenance du Costa Rica, confirmant que 2008 est l'année la plus probable de l'introduction de Xylella en Italie.
Alors que la présence de la bactérie a été initialement confirmée en Europe en 2013, on dispose encore de très peu d’informations sur la relation biologique entre les génotypes de la bactérie et les espèces végétales hôtes, ce qui est particulièrement pertinent alors que Xylella fastidiosa continue de se propager à travers l’Europe.
En analysant une population de souches provenant d’oliviers italiens et des génomes étroitement apparentés issus d’autres espèces végétales et d’autres localités, les chercheurs ont conclu que l’épidémie italienne avait été causée par un seul caféier importé d’Amérique centrale en 2008.
Voir aussi : Des chercheurs découvrent une autre maladie affectant les oliveraies des PouillesL'étude s'est étendue sur cinq ans – de 2013 à 2017 – au cours desquels les scientifiques ont prélevé des échantillons de rameaux sur plus de 70 arbres atteints du syndrome de dépérissement rapide de l'olivier, la maladie causée par Xylella fastidiosa, en utilisant un nouveau protocole pour extraire l'ADN des arbres.
Les séquences génomiques de l'isolat de Xylella fastidiosa affectant les oliviers ont ensuite été comparées à celles de trois isolats de caféier et de laurier-rose provenant du Costa Rica, qui avaient déjà été séquencés et étaient accessibles au public.
Des études antérieures – ainsi que de nombreux rapports faisant état de plants de café infectés par Xylella fastidiosa importés en Europe depuis l’Amérique centrale – avaient identifié la même bactérie dans certaines plantes d’Amérique centrale. Cependant, il n’existait aucune preuve scientifique d’une parenté génétique entre les isolats de café du Costa Rica et les isolats d’oliviers des Pouilles.
La comparaison des données des séquences génétiques rapportées dans l’étude a démontré que la bactérie Xylella fastidiosa provenant des oliviers est directement liée aux variants d’Amérique centrale.
Les données suggèrent également que la contamination s’est produite avec l’introduction d’un caféier infecté « asymptomatique », probablement importé en Italie en tant que plante ornementale.
L'étude a été menée par une équipe internationale comprenant des scientifiques des États-Unis, de France et d'Italie.
Parmi les auteurs, la biologiste italienne Maria Saponari, du Conseil national de la recherche italien dans les Pouilles, a été la première à détecter Xylella fastidiosa dans la région voisine du Salento en 2013.
Abattage d’oliviers dans les Pouilles, en Italie (Getty Images)
« Auparavant considérée comme confinée aux Amériques, la détection de Xylella fastidiosa en Europe a suscité de nouvelles inquiétudes à l’échelle mondiale en raison de son potentiel hautement nocif », a-t-elle déclaré. « Le premier cas confirmé en Europe en 2013 a rapidement été suivi par sa détection progressive dans plusieurs autres pays de l’Union européenne. »
« L’agent pathogène a progressivement étendu son aire de répartition géographique à l’échelle mondiale ainsi que sa capacité à former de nouvelles associations avec des plantes hôtes », a-t-elle ajouté. « Dans ce contexte, nous avons utilisé un outil génomique pour étudier les processus conduisant une bactérie émergente vers une épidémie de maladie végétale. »
« En ce qui concerne plus particulièrement la propagation de la bactérie dans le sud des Pouilles, les données génomiques nous ont permis de reconstituer l’émergence du syndrome du dépérissement rapide de l’olivier, qui a entraîné la mort de plusieurs millions d’oliviers, avec des conséquences environnementales, sociales, politiques et économiques importantes », a poursuivi Mme Saponari.
« Notre analyse suggère que l’agent pathogène est arrivé en Italie à la suite d’une seule introduction en provenance du Costa Rica, confirmant que 2008 est l’année la plus probable d’introduction de Xylella en Italie », a-t-elle ajouté. « Cela concorde avec les premiers signalements d’arbres infectés par les agriculteurs des Pouilles en 2010, car la période d’incubation de la maladie peut durer plus de deux ans. »
Les caféiers sont largement utilisés dans les jardins, les villas et les complexes touristiques : leur feuillage d’un vert intense les rend idéaux pour décorer les espaces extérieurs.
« Alors que dans les régions plus froides, la plante est presque toujours conservée à l’intérieur, dans le Salento, elle était très probablement conservée à l’extérieur, ce qui a favorisé la contagion », a déclaré Mme Saponari.
Pour prouver que Xylella fastidiosa aurait pu se transmettre d’une espèce à une autre, les chercheurs ont également mené des expériences dans lesquelles ils ont inoculé la bactérie à des caféiers et propagé l’infection aux oliviers de manière contrôlée à l’aide de cicadelles, vecteur naturel de Xylella fastidiosa.
« Les résultats montrent que les caféiers pourraient constituer un vecteur latent de la bactérie », ont conclu les chercheurs.